节微生物群落结构通过添加碳源，可以调整污水系统中的微生物群落结构，优化微生物的代谢途径。在污水环境中，存在着多种多样的微生物菌群，不同的菌群对碳源的利用效率和方式各有不同。当添加特定的碳源时，那些能够利用该碳源的微生物菌群就会相对优势生长。例如，在一个同时含有氨氮和有机污染物的污水环境中，如果投加了易于被反硝化细菌利用的碳源，那么反硝化细菌的生长就可能得到促进，进而在微生物群落中的比例升高。这种对微生物群落结构的调控可以实现更加、当地更符合环保要求的污水处理过程，例如提高污水中氮磷的去除效果，因为特定的微生物菌群往往在氮磷的代谢转化方面具有特定的功能。同时，这种调节也有助于恢复在污水处理过程中受到抑制或者失衡的微生物群落，维持系统内微生物生态的稳定和多样性。

在水产养殖环境中的作用稳固水体菌藻相平衡：碳是藻类十分重要的营养元素，相当于是藻类的骨架。向水体中补充含碳源的物质能够补充有机碳，稳固水体菌藻相平衡，进而稳定水体的pH。例如很多水产养殖池塘中如果水中缺碳，藻类生长缓慢或者不稳定，补充像乙酸钠这样的碳源，可以为藻类的生长提供必要的碳元素，促进藻类的光合作用，增加水中的溶氧量；同时维持有益微生物在水体中的比例和活性，防止因天气突变等原因引起水质的剧烈变化，起到稳定养殖水体生态环境的作用。促进有益微生物和藻类繁殖：水体中的碳源富含发酵蛋白、同城氨基酸和还原糖时，能有助于促进有益藻类和微生物的繁殖生长，稳定水色。水产养殖中的藻类可以为养殖生物提供氧气、本地作为食物来源等重要作用，有益微生物则有助于分解水体中的有害物质、本地调节水体生态环境等，所以碳源通过促进它们的生长对整个养殖环境产生积极影响，如新生成的有益微生物能够分解残饵、粪便等，防止水中有机物的过度积累。